Большую тревогу вызывает загрязнение как грунтовых, так и поверхностных вод

На площади бассейна (21100 кв.км) за счет атмосферных осадков и подтока подземных вод формируется общий объем воды более 2 миллиардов кубических метров. Из них около 1,5 млрд. выносится в р. Обь, остальные тратятся на испарение и формирование грунтовых вод. Ходовое распределение стока р. Алей крайне неравномерное. 80% воды (более 1,2 млрд. м3) стекает весной с апреля до начала июня и безвозвратно теряется для нужд бассейна. К середине лета, когда потребность в воде резко возрастает, многие реки и водотоки пересыхают. В связи с этим встает вопрос о зарегулировании стока р. Алей с целью более равномерного использования воды для нужд народного хозяйства в течение всего года.

Большую тревогу вызывает загрязнение как грунтовых, так и поверхностных вод. Темпы роста городов и промышленности в бассейне р. Алей оказались выше темпов наращивания водоохранных мощностей. Только за девятую пятилетку сброс хозяйственно-бытовых сточных вод в городах Рубцовске и Горняке возрос в полтора раза, и очистные сооружения оказались перегруженными. Наиболее значительное промышленное загрязнение р. Алей связано с заводом Алтайсельмаш и тракторным заводом. Имея проектные решения на 100-процентное использование сточных вод в водообороте, эти предприятия очень медленно ведут работы по их реализации. Производственные сточные воды сбрасываются в Алей с содержанием нефтепродуктов в 10-15 раз выше нормы. Загрязненность р. Алей ежегодно растет.

Значительная доля загрязнения вод бассейна падает и на сельскохозяйственное производство. Это сточные воды животноводческих комплексов, смыв с временных стоянок скота на пастбищах, водопойных площадках. Стоки мелких предприятий по переработке сельскохозяйственной продукции (маслосырзаводы) сбрасываются в воды Алея также без предварительной обработки. Отстаивание их в так называемых прудах-накопителях малоэффективно. Ежегодно с полей смывается и поступает в реки много минеральных удобрений. До сих пор остается неясной доля участия ядохимикатов в общем балансе загрязнения вод, но можно предполагать, что она значительна.