Для поверхностных вод бассейна наибольшую опасность представляют сточные воды промышленных предприятий

Для поверхностных вод бассейна наибольшую опасность представляют сточные воды промышленных предприятий, которые являются основными загрязнителями, приносящими в реки нефтепродукты, взвеси, СПАВ, нитросоединения, кальций, магний, цинк, медь, свинец и др. Рубцовский, Змеиногорский и Горнякский промышленные узлы сбрасывают загрязненные сточные воды непосредственно в природные водные объекты (pp. Алей, Золотуха, Корболиха, озера Горькое, Ракиты); Алейский промузел

— на поля фильтрации, расположенные вблизи рек, с которых недостаточно очищенные сточные воды также попадают в реки. В общей сложности от промышленных предприятий поступает в реку Алей и его притоки около 85% сточных вод (Ландшафтно-индикационный..., 1999).

Коммунально-водопроводные хозяйства городов имеют смешанные системы водоотведения. Часть хозяйственно-фекальных и ливневых стоков поступает на городские очистные сооружения, а после очистки сбрасывается в р. Алей, другая часть — в поверхностные воды без предварительной очистки.

В сельской местности загрязнение поверхностных вод происходит, в основном, за счет стоков с животноводческих ферм и, в меньшей степени, промышленными стоками пивоваренных заводов, хлебозаводов, маслосыроваренных заводов и мясокомбинатов. Стоки от более 100 животноводческих ферм (в основном сосредоточеных в южной части бассейна), непосредственно примыкающих к р. Алей и ее притокам, являются основной причиной загрязнения природных вод биогенными и токсичными веществами (Дандшафтно-индикационный..., 1999, с. 125).