Чистюньский лагерь являлся единственным подразделением

Несмотря на такое развитое хозяйство, заключенные продолжали испытывать большие трудности в продуктах питания, одежде, обуви, средствах гигиены. Бывшая заключенная 3-го лагпункта Чистюньского ЛО М. А. Мирошниченко вспоминает, что заключенные голодали, их заедали вши, не хватало средств гигиены, поэтому смертность была высокой. Так, за 1943 г. в лагере умерло около 500 чел. [15].

В мае 1946 г. Чистюньское ЛО переводится в ведение МВД СССР и на его базе организуется четвертый в Советском Союзе оздоровительный, а с 1947 г. - инвалидный лагерь ГУЛАГа МВД СССР С изменением функционального назначения Чистюньского лагеря стал меняться и контингент заключенных. Теперь в лагерь прибывали этапы с заключенными, истощентом в тюрьмах и на тяжелых работах в других лагерях, для восстановления физических сил. Ежегодно медицинская комиссия проводила осмотр и отбор тем более здоровых и сильных з/к для отправки в Кузбасс, Араличевскетрой и т. д. на тяжелые физические работы. А с 1947 г. в Чистюньский инвалидный лагерь, кроме ослабленных заключенных, стали направлять осужденных по физической неполноценности или по возрасту, не способных выполнять тяжелую физическую работу в других лагерях системы ГУЛАГа. Так, в Чистюньском лагере оказался инвалид Великой Отечественной войны Н. А Генлиберия, престарелый профессор живописи из Ленинграда Константинов, а также большая группа священнослужителей из Ленинградской области.

По последним данным, на период 1942 г. Чистюньский лагерь являлся единственным подразделением ГУЛАГа на территории Алтайского края.